من أجل الحصول على أفضل تأثير لإنتاج الأجسام المضادة ، من الضروري تصميم البوبتيد المضاد بعناية ، ويجب أن يستوفي التصميم شرطًا أساسيًا: في عملية التحصين ،لن ينتج المضاد استجابة مناعية مفرطة، وفي نفس الوقت يمكن أن تنتج توليد الأجسام المضادة التي ترتبط بالبروتين من الاهتمام.
يوصى عموماً بأن يكون طول تسلسل البوليببتيد المضاد بين 8-20 بقايا حمض أميني.هناك خطر من عدم قوة خصائص البوبتيدات الكثيرة والقدرة على الارتباط بين الأجسام المضادة المولدة والبروتين الأصلي لن تكون قوية بما فيه الكفاية.ومع ذلك، إذا كان طول التسلسل يتجاوز 20، فمن الممكن إدخال الهيكل الثانوي، والجسم المضاد الناتج قد تفقد خصائصها، وأطول سلسلة الببتيد،كلما كان من الصعب تجميعهمع سنوات من الخبرة الغنية في توليف الببتيدات الصعبةيمكن لببتيد KS-V أن يوفر بكفاءة وسرعة الببتيدات المنتهية عالية النقاء للمضادات الحيوية لمساعدة أبحاثك وتطوير.
على الرغم من أن معظم الشظايا الببتيدية الخطية القصيرة من البروتينات غير منظمة في محلول مائي،وقد تبين أن عددا من الببتيدات المضادة للجهاز المناعي والمضادة للجهاز المناعي لديها تفضيلات تشكيلية للأشكال المنظمةمن خلال استخدام الطيفية الرقمية النووية و CD بشكل رئيسي ، كان من الممكن الكشف عن و تحديد كمية عدد صغير جدا من السكان من التشكلات البيتا-دورة ، المدارية ، و المدارية الناشئة.وقد نشرت دراسات حديثة تشير إلى أن وجود أشكال منظمة يرتبط بموقع الخلايا T و / أو الخلايا B في تسلسلات الببتيداتتظهر الهياكل البلورية للأشعة السينية للمجمع بين الببتيدات والجسم المضاد للببتيدات في كثير من الأحيان الببتيدات المرتبطة في تشكيلات التحول البيتا.وظهرت وجود هليكس في واحد الببتيد مضادات الجسم معقدة من قبل الطيف NMR. Studies of peptides free in solution and bound to anti-peptide antibodies in the crystal indicate that the structure of the principal neutralizing determinant of HIV-1 probably includes at least one beta-turn in a highly conserved regionيمكن استخدام هذه النتائج في تصميم اللقاحات القائمة على الببتيدات.
أولاً وقبل كل شيء، تقدم المضادات الببتيدية حلاً ذكياً لتوليد الأجسام المضادة في الحالات التي يكون فيها تسلسل حمض البروتين المستهدف معروف، ولكن البروتين نفسه غير متاح،أو معقدة جدا من الناحية الهيكلية للحصول على بروتين مستقرة من الناحية الهيكلية و سليمة (بعض المستقبلات عبر الغشاء، القنوات الأيونية، الخ).يقدم النهج المناعي للببتيد مرونة في اختيار وتصميم المضادات لمجال البروتين المستهدف كمنفعة إضافيةإن مضادات الببتيد مفيدة للغاية لتوليد الأجسام المضادة ضد مواقع الارتباط المعدلة بعد الترجمة على البروتينات المستهدفة.
مزايا أخرى هي::
على الرغم من أن العديد من تسلسلات الببتيدات يمكن أن تكون مناعة ، إلا أن جميعها ليست فعالة على قدم المساواة في توليد الأجسام المضادة ذات التفاعل ضد البروتين المستهدف.يعتمد النجاح في توليد الأجسام المضادة مع مضادات الببتيد على عدة عوامل يجب مراعاتها في التصميمبما في ذلك:
دقة تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين المستهدف
الهيكل الثنائي / الثلاثي المتوقع للبروتين السليم
اختيار نطاقات / مناطق البروتين التي سيتم تقليدها بواسطة مضاد الببتيد
الحاجة إلى تجميع مضادات الببتيد إلى بروتين حامل أكبر
سهولة تجميع بعض تسلسلات الببتيدات
ولذلك فإن التوصيات العامة التالية تنطبق على تصميم مضادات الببتيد:
تأكد من تحديد الأنواع الصحيحة وتسلسل البروتين.
اختيار مضاد الببتيد من منطقة متاحة للمذيب من البروتين الأصلي.هذه المناطق المكشوفة على سطح البروتين التي تتلامس مع البيئة المائية (الهيدروفيلية) للمذيبقد تكون مناطق معينة من البروتين غير قابلة للوصول إلى الأجسام المضادة، مثل المناطق عبر الغشاء أو مركز البروتين الكريبي.
ميزة مهمة هي أنه يمكن تصميم مضادات الببتيد لتغطية مقطع خاص من الاهتمام. يتم فحص مرشحات مضادات الببتيد مقابل قاعدة بيانات بروتينية محددة.قد تكون بعض النطاقات موجودة أيضا في البروتينات الأخرىيجب تجنب هذه التسلسلات من أجل تقليل احتمالية التفاعل المتقاطع غير المرغوب فيه وبالتالي تحسين خصائص الأجسام المضادة بشكل عام.يتم اختيار التسلسلات ذات الحد الأدنى من التنسيق التسلسلي من أجل تقليل الارتباط غير المرغوب فيه بالبروتين خارج الهدف.
اعتماداً على الهيكل الثلاثي الأبعاد للمجال المستهدف في البروتين السليم، قد تكون هناك حاجة إلى تقنيات تقييد لمحاكاة الهيكل الثالث للمضاد على النحو الأمثل.كواحد من المتخصصين في محاكاة سطح البروتين، KS-V لديها العديد من التقنيات المتاحة (جزئيا الملكية) لتصميم وتوليف مضادات الببتيد المقيدة
غالبًا ما تكون الجينات صغيرة جدًا لتوليد استجابة مناعية كبيرة دون الارتباط المسبق بالبروتين الناقل مثل KLH أو BSA أو OVA.لذلك يوصى عادة باستخدام الببتيد المرتبط بالبروتين الناقل.
في تصميم المضادات الببتيدية، يجب أيضاً النظر في سهولة تكوين تسلسلات الببتيد المحددة. يجب أن يتم تضمين كل من المخلفات الهيدروفوبية والهيدروفيلية،ومن المفيد للببتيد دمج الأحماض الأمينية التي تعزز المناعة (مثل الأحماض الأمينية الأساسية والعطرية)يجب الحفاظ على محتوى الأحماض الأمينية الهيدروفوبية أقل من 50٪ ، ويتعين تجنب السلاسل الطويلة من المخلفات الهيدروفوبية أيضًا.على الأقل بقية واحدة مشحونة (الأرجينين)يجب أن يتم دمج الحمض النووي في كل خمسة أحماض أمينية.يمكن أيضا تحسين دقة الببتيد عن طريق الاستبدال المحافظ أو إضافة مخلفات القطبية إلى نهاية N أو Cعند تصميم المضادات الجينية ، يفضل تجنب المناطق المعقدة ، مثل أوراق بيتا أو المروحيات ألفا ، ولكن بدلاً من ذلك يهدف إلى المناطق المرنة.
تطبق KS-V أحدث قدراتها وخبرتها لتوليف مضادات الببتيدات ، بما في ذلك (إذا لزم الأمر) القيود التكوينية ، PTM ′′s ، الارتباط أو biotinylation.بالنسبة لمعظم مشاريع توليد الأجسام المضادة ، يوصى بنقاء لا يقل عن 85 ٪ لأي مضاد للببتيدومع ذلك، إذا تم الرغبة يمكننا توفير المضادات الحيوية مع نقاء أعلى أيضا. ونحن عادة سوف تخلق ما يقرب من 10 ملغ من الببتيد، والتي عادة ما تكون كافيةفحص ELISA وبناء إعداد للكروماتوجرافية المصفوفة للتواصل إذا رغبت في ذلك.
من أجل الحصول على أفضل تأثير لإنتاج الأجسام المضادة ، من الضروري تصميم البوبتيد المضاد بعناية ، ويجب أن يستوفي التصميم شرطًا أساسيًا: في عملية التحصين ،لن ينتج المضاد استجابة مناعية مفرطة، وفي نفس الوقت يمكن أن تنتج توليد الأجسام المضادة التي ترتبط بالبروتين من الاهتمام.
يوصى عموماً بأن يكون طول تسلسل البوليببتيد المضاد بين 8-20 بقايا حمض أميني.هناك خطر من عدم قوة خصائص البوبتيدات الكثيرة والقدرة على الارتباط بين الأجسام المضادة المولدة والبروتين الأصلي لن تكون قوية بما فيه الكفاية.ومع ذلك، إذا كان طول التسلسل يتجاوز 20، فمن الممكن إدخال الهيكل الثانوي، والجسم المضاد الناتج قد تفقد خصائصها، وأطول سلسلة الببتيد،كلما كان من الصعب تجميعهمع سنوات من الخبرة الغنية في توليف الببتيدات الصعبةيمكن لببتيد KS-V أن يوفر بكفاءة وسرعة الببتيدات المنتهية عالية النقاء للمضادات الحيوية لمساعدة أبحاثك وتطوير.
على الرغم من أن معظم الشظايا الببتيدية الخطية القصيرة من البروتينات غير منظمة في محلول مائي،وقد تبين أن عددا من الببتيدات المضادة للجهاز المناعي والمضادة للجهاز المناعي لديها تفضيلات تشكيلية للأشكال المنظمةمن خلال استخدام الطيفية الرقمية النووية و CD بشكل رئيسي ، كان من الممكن الكشف عن و تحديد كمية عدد صغير جدا من السكان من التشكلات البيتا-دورة ، المدارية ، و المدارية الناشئة.وقد نشرت دراسات حديثة تشير إلى أن وجود أشكال منظمة يرتبط بموقع الخلايا T و / أو الخلايا B في تسلسلات الببتيداتتظهر الهياكل البلورية للأشعة السينية للمجمع بين الببتيدات والجسم المضاد للببتيدات في كثير من الأحيان الببتيدات المرتبطة في تشكيلات التحول البيتا.وظهرت وجود هليكس في واحد الببتيد مضادات الجسم معقدة من قبل الطيف NMR. Studies of peptides free in solution and bound to anti-peptide antibodies in the crystal indicate that the structure of the principal neutralizing determinant of HIV-1 probably includes at least one beta-turn in a highly conserved regionيمكن استخدام هذه النتائج في تصميم اللقاحات القائمة على الببتيدات.
أولاً وقبل كل شيء، تقدم المضادات الببتيدية حلاً ذكياً لتوليد الأجسام المضادة في الحالات التي يكون فيها تسلسل حمض البروتين المستهدف معروف، ولكن البروتين نفسه غير متاح،أو معقدة جدا من الناحية الهيكلية للحصول على بروتين مستقرة من الناحية الهيكلية و سليمة (بعض المستقبلات عبر الغشاء، القنوات الأيونية، الخ).يقدم النهج المناعي للببتيد مرونة في اختيار وتصميم المضادات لمجال البروتين المستهدف كمنفعة إضافيةإن مضادات الببتيد مفيدة للغاية لتوليد الأجسام المضادة ضد مواقع الارتباط المعدلة بعد الترجمة على البروتينات المستهدفة.
مزايا أخرى هي::
على الرغم من أن العديد من تسلسلات الببتيدات يمكن أن تكون مناعة ، إلا أن جميعها ليست فعالة على قدم المساواة في توليد الأجسام المضادة ذات التفاعل ضد البروتين المستهدف.يعتمد النجاح في توليد الأجسام المضادة مع مضادات الببتيد على عدة عوامل يجب مراعاتها في التصميمبما في ذلك:
دقة تسلسل الأحماض الأمينية للبروتين المستهدف
الهيكل الثنائي / الثلاثي المتوقع للبروتين السليم
اختيار نطاقات / مناطق البروتين التي سيتم تقليدها بواسطة مضاد الببتيد
الحاجة إلى تجميع مضادات الببتيد إلى بروتين حامل أكبر
سهولة تجميع بعض تسلسلات الببتيدات
ولذلك فإن التوصيات العامة التالية تنطبق على تصميم مضادات الببتيد:
تأكد من تحديد الأنواع الصحيحة وتسلسل البروتين.
اختيار مضاد الببتيد من منطقة متاحة للمذيب من البروتين الأصلي.هذه المناطق المكشوفة على سطح البروتين التي تتلامس مع البيئة المائية (الهيدروفيلية) للمذيبقد تكون مناطق معينة من البروتين غير قابلة للوصول إلى الأجسام المضادة، مثل المناطق عبر الغشاء أو مركز البروتين الكريبي.
ميزة مهمة هي أنه يمكن تصميم مضادات الببتيد لتغطية مقطع خاص من الاهتمام. يتم فحص مرشحات مضادات الببتيد مقابل قاعدة بيانات بروتينية محددة.قد تكون بعض النطاقات موجودة أيضا في البروتينات الأخرىيجب تجنب هذه التسلسلات من أجل تقليل احتمالية التفاعل المتقاطع غير المرغوب فيه وبالتالي تحسين خصائص الأجسام المضادة بشكل عام.يتم اختيار التسلسلات ذات الحد الأدنى من التنسيق التسلسلي من أجل تقليل الارتباط غير المرغوب فيه بالبروتين خارج الهدف.
اعتماداً على الهيكل الثلاثي الأبعاد للمجال المستهدف في البروتين السليم، قد تكون هناك حاجة إلى تقنيات تقييد لمحاكاة الهيكل الثالث للمضاد على النحو الأمثل.كواحد من المتخصصين في محاكاة سطح البروتين، KS-V لديها العديد من التقنيات المتاحة (جزئيا الملكية) لتصميم وتوليف مضادات الببتيد المقيدة
غالبًا ما تكون الجينات صغيرة جدًا لتوليد استجابة مناعية كبيرة دون الارتباط المسبق بالبروتين الناقل مثل KLH أو BSA أو OVA.لذلك يوصى عادة باستخدام الببتيد المرتبط بالبروتين الناقل.
في تصميم المضادات الببتيدية، يجب أيضاً النظر في سهولة تكوين تسلسلات الببتيد المحددة. يجب أن يتم تضمين كل من المخلفات الهيدروفوبية والهيدروفيلية،ومن المفيد للببتيد دمج الأحماض الأمينية التي تعزز المناعة (مثل الأحماض الأمينية الأساسية والعطرية)يجب الحفاظ على محتوى الأحماض الأمينية الهيدروفوبية أقل من 50٪ ، ويتعين تجنب السلاسل الطويلة من المخلفات الهيدروفوبية أيضًا.على الأقل بقية واحدة مشحونة (الأرجينين)يجب أن يتم دمج الحمض النووي في كل خمسة أحماض أمينية.يمكن أيضا تحسين دقة الببتيد عن طريق الاستبدال المحافظ أو إضافة مخلفات القطبية إلى نهاية N أو Cعند تصميم المضادات الجينية ، يفضل تجنب المناطق المعقدة ، مثل أوراق بيتا أو المروحيات ألفا ، ولكن بدلاً من ذلك يهدف إلى المناطق المرنة.
تطبق KS-V أحدث قدراتها وخبرتها لتوليف مضادات الببتيدات ، بما في ذلك (إذا لزم الأمر) القيود التكوينية ، PTM ′′s ، الارتباط أو biotinylation.بالنسبة لمعظم مشاريع توليد الأجسام المضادة ، يوصى بنقاء لا يقل عن 85 ٪ لأي مضاد للببتيدومع ذلك، إذا تم الرغبة يمكننا توفير المضادات الحيوية مع نقاء أعلى أيضا. ونحن عادة سوف تخلق ما يقرب من 10 ملغ من الببتيد، والتي عادة ما تكون كافيةفحص ELISA وبناء إعداد للكروماتوجرافية المصفوفة للتواصل إذا رغبت في ذلك.
